En mi caso se refiere a la factura a la cual le estás creando la nota crédito. Dependiendo del tipo de nota crédito que estés creando (ver campo en XML CustomizationID, tabla 6.1.5.2 en el anexo técnico), es obligatorio o no colocar el ID de la factura en el campo XML BillingReference.
Un ejemplo de BillingReference es:
<cac:BillingReference>
<cac:InvoiceDocumentReference>
<cbc:ID>SETP990000001</cbc:ID>
<cbc:UUID schemeName="CUFE-SHA384">[AQUI VA EL CUFE DE LA FACTURA]</cbc:UUID>
<cbc:IssueDate>2020-06-26</cbc:IssueDate>
</cac:InvoiceDocumentReference>
</cac:BillingReference>