Me parece que estás elaborando facturas desde el sistema gratuito de la DIAN, por tus palabras.
El problema debería resolverse con una nueva resolución y reinicio de consecutivos.
No obstante, hay dos caminos.
1. Comunicarte con la DIAN, para reportar el caso y esperar solución.
2. Aplicar lo que te digo, pero habla con tu administrador de empresa y contador.