En lo que he visto, rara vez el cliente abre el XML. Lo que mas se ve es el PDF, y este no debe ir incluido en el zip. Por ende, creería que pues en cuanto a UX no es que empeore mucho. De pronto se le complica un paso más a la persona que realmente revisa el XML, que como te digo, son muy poquitas.
En cuanto a la parte de automatización , definitivamente si coloca un paso adicional en el procesamiento, no tan grave como parece, pero si toca realizar las respectivas actualizaciones para descomprimir y leer el XML. En todo caso, es normal que en estos primeros meses/años hayan muchos cambios en todas las partes del proceso.