Buenos días esta fue la solución que le dimos
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?>
<NominaIndividual xmlns="urn:dian:gov:co:facturaelectronica:NominaIndividual"
xmlns:xs="
http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
xmlns:ds="
http://www.w3.org/2000/09/xmldsig#"
xmlns:ext="urn:oasis:names:specification:ubl:schema:xsd:CommonExtensionComponents-2"
xmlns:xades="
http://uri.etsi.org/01903/v1.3.2#"
xmlns:xades141="
http://uri.etsi.org/01903/v1.4.1#"
xmlns:xsi="
http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
SchemaLocation=""
xsi:schemaLocation="dian:gov:co:facturaelectronica:NominaIndividual NominaIndividualElectronicaXSD.xsd">
Basicamente el error esta en esta linea <NominaIndividual xmlns="urn:dian:gov:co:facturaelectronica:NominaIndividual" de los encabezados se le debe quitar el urn: osea debe quedar asi: <NominaIndividual xmlns="dian:gov:co:facturaelectronica:NominaIndividual"
pero si se le quita en algunas versiones de php esta generando un error en la función de canonización c14n()
entonces lo que hicimos en el grupo fue dejar el urn: en el encabezado del xml y remplazar esa linea después de canonizar en todas partes donde se utiliza 3 veces en el algoritmo de la firma y una vez donde se arma el xml
$dom = new DOMDocument('1.0','UTF-8');
$dom->loadXML($xmlFinal);
$xmlFinal = $dom->C14N();
$xmlFinal = str_replace("urn:dian:gov:co:facturaelectronica:NominaIndividual","dian:gov:co:facturaelectronica:NominaIndividual", $xmlFinal);