Según la documentación oficial de la DIAN, se rechazará el documento cuando el atributo schemeName de la etiqueta CompanyID tenga un valor distinto de 31 (NIT), que representa el tipo de identificación del emisor del documento electrónico.
Esto que acabo de describir se encuentra en la sección donde se indica cómo se arma la factura, en la columna "observaciones".
Aunque si nos vamos a sección de las reglas de validación en la documentación para el elemento identificado con FAJ25, le indicara que habrá rechazo si no se cumple la siguiente regla:
"Identificador del tipo de documento de identidad (@schemeName=31) del Emisor que indica que él está identificado por NIT y por tanto el DV del NIT debe ser informado en el atributo @schemeID"
Esto da a entender que el tipo de identificación debe ser de tipo NIT obligatoriamente. Recordemos que para facturar electrónicamente debe tener un NIT asignado en caso de personas naturales su identificación se convierte en el NIT
Por lo tanto, puede ser que haya hecho una configuración errónea. Supongo que a la fecha ya debió responder la duda.